Jenom chvíli po vydání SP1 pro Windows Server 2008 R2 a Windows 7 přichází aktualizovaná verze Hyper-V serveru 2008 R2. Windows Hyper-V server 2008 R2 je samostatným produktem zdarma, který umožňuje virtualizovat a to včetně vytvoření Windows Clusteru pro zajištění vysoké dostupnosti. Takto vytvořený cluster může obsahovat až 16 nodů (pokud bychom vzali v potaz 333 podporovaných virtuálních strojů na jeden nod clusteru, je možné vytvořit pomocí tohoto virtualizačního řešení zdarma farmu o celkovém počtu 4995 virtuálních počítačů (15+1). Jedná se defakto o Windows Server 2008 R2 Core edition, tedy server bez grafického rozhraní, kde je předinstalovaná role Hyper-V a je možné přidat funkci Windows Cluster. Správa takového serveru probíhá buďto pomocí příkazové řádky nebo pomocí Remote Server Administration Tool (RSAT) vzdáleně z počítače Windows 7 nebo Windows server 2008 R2, aktuální verzi se SP1 je možné stáhnout zde. Podporované operační systémy jsou uvedeny zde http://www.microsoft.com/windowsserver2008/en/us/hyperv-supported-guest-os.aspx. Windows Hyper-V Server 2008 R2 SP1 je možné stahovat zdarma zde, pro stažení je nutná pouze registrace. Vzdálená správa serveru je možná také pomocí RDP (Remote Desktop Protocol), kde po připojení na vzdálenou plochu je dotupná příkazová řádka. Konfigurace může být například také provedena pomocí některých nástrojů jako je script coreconfig, nicméně je možné konfigurovat pouze nastavení a vlastnosti, které jsou součástí Hyper-V serveru, jako je MPIO, síťování, cluster, iSCSI, připojení do AD a další. Script coreconfig je dostupný na http://coreconfig.codeplex.com/